हालांकि नई Yamaha YZF R1 के इंजन में बदलाव नहीं किया गया है। इसमें भी इसके पिछले मॉडल की तरह 998CC का लिक्विड कूल्ड इन लाइन फोर इंजन दिया गया है, जो 13,500rpm पर 200PS का पावर और 11,500rpm पर 112.4Nm का पिक टॉर्क जेनरेट करती है। YZF-R1 का नया मॉडल MotoGP कॉन्सेप्ट पर बेस्ड रेसिंग सर्किट का फ्लैगशिप मॉडल है।